Автор: Каракозова Юлия Юрьевна
Введение: Некодирующие РНК составляют существенную часть транскриптома человека и участвуют в регуляции многих клеточных процессов. Поэтому их филогенетический анализ и установление времени и механизмов их возникновения представляет существенный фундаментальный интерес. В данной работе мы исследовали происхождение двух генов некодирующих РНК: ENSG00000204464 (TMEM51-AS2; C1orf195) и ENSG00000214381 (LINC00488).
Цель и задачи: Выполнить выравнивание, проанализировать его результаты, выяснить у кого впервые появились гены.
Обзор литературы: TMEM51-AS2 может регулировать экспрессию гена
TMEM51. В то время как ген TMEM51, который входит в семейство генов TMEM, кодирует трансмембранный белок. LINC00488 высоко экспрессируется в линиях клеток рака щитовидной железы и способствовал пролиферации, миграции и инвазии, одновременно ингибируя апоптоз клеток рака щитовидной железы
Методы: Филогенетический анализ, выравнивание
Результаты: Ген ENSG00000204464 возник у общего предка гориллы, канадской рыси и большого подковоноса и характерен только для млекопитающих. Ген ENSG00000214381 возник у общего предка гориллы и домовой мыши и характерен только для млекопитающих
Выводы: Выяснение хода эволюции генов поможет понять, как они изменились и как это повлияло на физиологические функции.
Литература:
• Long non-coding RNA LINC00488 facilitates thyroid cancer cell progression through miR-376a-3p/PON2
• The roles and functions of TMEM protein family members in cancers, cardiovascular and kidney diseases
• Gene regulation by antisense transcription
Рецензии
Рецензия на работу Ю.Ю. Каракозовой «Исследование эволюции генов ENSG00000204464 и ENSG00000214381».
Рецензент: Чикадзе Т.Г., преподаватель программирования, анализа данных, биоинформатики и машинного обучения ГБОУ СОШ №225 Адмиралтейского района Санкт-Петербурга.
Работа посвящена анализу двух генов — LINC00488 и TMEM51-AS2, а также их ролям в регуляции клеточных процессов и связанных с ними патологиях. Автор подробно описывает локализацию, структуру и функции этих генов, опираясь на данные Ensembl и научные публикации. Особое внимание уделено функции LINC00488 как ceRNA, регулирующего рост и ангиогенез гепатоцеллюлярной карциномы через взаимодействие с miR-330-5p и TLN1, а также прогрессирование клеток щитовидной железы через miR-376a-3p и PON2. Анализ показывает, что LINC00488 может играть важную роль в онкогенезе и регуляции сигнальных путей.
Для TMEM51-AS2 представлены данные о его расположении, связи с геном TMEM51 и возможной функции как антисенс-транскрипта. Автор отмечает, что TMEM51-AS2 может участвовать в регуляции экспрессии TMEM51, что имеет значение для понимания функций белков семейства TMEM в раке, сердечно-сосудистых и почечных заболеваниях. В работе использованы современные методы биоинформатики: анализ синтении, HMM-профилирование, обработка данных с помощью bedtools и получение FASTA-последовательностей.
Работа отличается хорошей структурой, логичной подачей материала и ссылками на актуальные научные источники. Автор демонстрирует владение методами биоинформатического анализа и способность критически оценивать результаты. Вместе с тем, в работе можно было бы более подробно раскрыть механизмы действия генов и их потенциальное клиническое значение. В целом, представленная работа является достойным вкладом в изучение некодирующих РНК и их роли в патогенезе заболеваний.