Автор: Семенова Елизавета Викторовна
Актуальность: lncRNA играют ключевую роль в регуляции генов и тесно связаны с развитием онкологических заболеваний. Филогенетический анализ позволяет определить эволюционное происхождение генов lncRNA, что необходимо для понимания их функций и механизмов участия в патологических процессах, таких как онкогенез.
Цель: филогенетический анализ генов LINC02870(ENSG00000180066), LINC00588(ENSG00000215117), LINC02875(ENSG00000187013).
Обзор литературы: Рассмотрены различные статьи про выбранные гены:
• Lou X, Li J, Yu D, Wei YQ, Feng S, Sun JJ.Cancer Med. 2019 Aug 8;
• Zhou FC, Zhang YH, Liu HT, Song J, Shao J.Front Pharmacol. 2020 Mar 24;
Материалы и методы: Для филогенетического анализа были использованы нуклеотидные последовательности генов, полученные из баз данных Ensembl и NCBI. Множественное выравнивание последовательностей выполняли с помощью программ HMMER и MAFFT. Построение филогенетического дерева проводили с использованием программы MrBayes.
Результаты: Филогенетическое дерево, построенное для гена ENSG00000180066, показало, что впервые он возник у узконосых обезьян (Catarrhini). Ген ENSG00000215117 впервые возник у человека. Ортологичных последовательностей у макаки (Macaca mulatta), белощёкого хохлатого гиббона (Nomascus leucogenys), бонобо (Pan paniscus) и суматранского орангутана (Pongo abelii) не обнаружено. Филогенетическое дерево, построенное для гена ENSG00000187013, показало, что впервые он возник у узконосых обезьян (Catarrhini)
Выводы: Построенные по результатам множественного выравнивания филогенетические деревья показали, что гены ENSG00000180066 и ENSG00000187013 возникли у узконосых обезьян (Catarrhini), а ген ENSG00000215117 впервые появился у человека.
Рецензии
Рецензия на работу «Исследование эволюции генов человека LINC02870(ENSG00000180066), LINC00588(ENSG00000215117), LINC02875(ENSG00000187013)»
Рецензент: Чикадзе Т.Г., преподаватель программирования, анализа данных, биоинформатики и машинного обучения ГБОУ СОШ №225 Адмиралтейского района Санкт-Петербурга.
Работа посвящена исследованию эволюции длинных некодирующих РНК (lncRNA) человека, что является важной и актуальной темой современной молекулярной биологии. Автор подробно описывает биологическую роль lncRNA, их отличия от белок-кодирующих РНК, а также особенности экспрессии и тканеспецифичности этих молекул. Работа основывается на современных научных взглядах и подчеркивает функциональное значение lncRNA в регуляции генетической активности.
Структура работы логична, включает введение с обоснованием актуальности, подробно освещает методы исследования, среди которых - использование биоинформатических инструментов и сравнительного анализа геномных данных. Описаны задачи исследования, направленные на выявление эволюционных особенностей выбранных генов.
Положительным моментом является глубокое теоретическое обоснование и обращение к ключевым литературным источникам, что демонстрирует высокий уровень проработки темы. Текст написан ясно и доступно, что способствует широкому восприятию результатов работы. Однако, можно порекомендовать усилить практическую часть с более развернутым описанием конкретных методик анализа и полученных данных, а также добавить визуальные материалы — схемы и графики для лучшего восприятия информации.
В целом, мы видим качественную научно-исследовательскую работу, которая вносит вклад в понимание функции и эволюции lncRNA.